本機構は，研究部門，高等教育部門，研究支援部門の３部門で構成されています。
　研究部門では，新しい学問分野・学問領域の創成につながる学際的な研究を推進し，高等教育部門では，学際性・総合性・国際性を有する若手研究者を育成するとともに， 研究支援部門では，研究部門及び高等教育部門を支援します。
　本機構の中心となる研究部門には，３つの研究コアを設置。
各研究コアは，研究課題ごとの研究ユニットから成り合計１６の研究ユニットが置かれ，新しい学問分野・学問領域の創成につながる学際的な研究を推進します。